Nasza cerkiew regularnie podlega kolejnym remontom. W 1996 r. założono instalację odgromową, a w 1997 r. konserwatorzy zabytków zabezpieczyli polichromie ścienne w części chóralnej oraz ikonę Matki Bożej Tichwińskiej. W roku 1998 wykonano remont ołtarza głównego, łącznie z położeniem na ołtarzowych ścianach nowych polichromii. Od roku 2000 trwa remont dachu; stan więźby dachowej groził zawaleniem.
W drugiej połowie roku 2005 przeprowadzono remont częściowy domu parafialnego (plebanii).
Zakończono ostatni etap prac przy Konserwacji ołtarza bocznego „kiota” z ikoną św. Marii Magdaleny i veraikonu. Prace sfinansowano w 50% ze środków budżetu państwa przez Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Lublinie.
W roku 2006 przeprowadzono kolejne prace przy pokryciu dachu i dzwonnicy. Prace zostały sfinansowane przez Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji (Departament Wyznań Religijnych Mniejszości Narodowych i Etnicznych) oraz budżet Gminy Miejskiej Włodawa. Remont elewacji cerkwi prawosławnej pw. Narodzenia NMP we Włodawie przeprowadzono z pomocą środków finansowych Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego i Prawosławnej Diecezji Lubelsko-Chełmskiej. Konserwację ołtarza bocznego „kiota” z ikoną św. Jerzego wykonano przy udziale budżetu państwa – Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Lublinie.
W roku 2007 przeprowadzono końcowe prace przy remoncie elewacji cerkwi oraz dalszą część remontu dachu z wykorzystaniem dotacji z Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji – Funduszu Kościelnego i Starostwa Powiatowego we Włodawie. Przeprowadzono konserwację ołtarza bocznego „kiota” z ikoną św. Grzegorza z pozłoceniem wykorzystując dotację z Urzędu Marszałkowskiego oraz przy wsparciu Prawosławnej Diecezji Lubelsko-Chełmskiej i własnych funduszy.
Rok 2008: wykonano projekty na prace konserwatorsko-remontowe: wymianę stolarki drzwiowej, remont schodów, opaski wokół cerkwi i ogrodzenia oraz konserwację istniejącej polichromii, a także programy do wszystkich ikon wpisanych do zabytków. Poddano konserwacji Ikonę Podróżną z Matką Bożą, św. Onufrym i św. Włodzimierzem.